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张亮生教授

PostTime:2017-3-5 10:55 阅读人数:2701

张亮生博士,男,198311月生,20156月引进我校工作,目前为海峡联合研究院教授(特聘)、PI、博士生导师、金山学者青年拔尖人才,福建省高层次境外C类引进人才。近年来以第一作者或通讯作者在 Plant JournalMolecular PlantPlant PhysiologyNew Phytologist等国际著名期刊发表论文15篇,影响因子总和大于80

工作经历:

l2015/06-至今 福建农林大学,基因组与生物技术中心,教授(特聘)/PI,博导

l2013/02–2015/06 同济大学,转化医学研究院,生命科学与技术学院,副研究员

l2012/07–2013/02, Pennsylvania State University, Department of Biology, Postdoctoral Scholar

教育经历:

l2009/07–2012/07,复旦大学生命科学学院,遗传学,理学博士, (导师:马红 教授)

l2007/07,清华大学生物信息学暑期学校

l2006/08–2009/07,上海大学数学系,理学硕士

l2002/09–2006/07,长江大学数学系,理学学士

研究方向:基因组,生物信息,分子进化

l基因组学:包括从头组装基因组和比较基因组

l生物信息学:基因组和转录组数据分析

l分子进化:基因家族分析和基因功能分化

l基因功能和性状基因挖掘

研究成果

  主要从事植物基因组和生物信息学的研究。研究材料不只是局限于模式植物拟南芥,还拓展到作物和园艺植物,如香蕉,油菜,蝴蝶兰,石斛,杜仲和睡莲等植物,已经有多篇研究工作发表。在植物基因家族进化,生物信息学和基因组学方面取得了优异的研究成果。

1)完成兰科CAM途径调控的分子机制和起源研究

  申请人目前对于CAM的相关研究已取得一些前期研究成果,论文发表在The Plant Journal (第一并通讯),Molecular Phylogenetics and EvolutionScientific Reports

 2 植物基因组与花发育转录组及基因家族进化研究

  参与了Maca和石斛基因组研究工作,花发育相关基因家族和转录组研究等。相关论文发表在Molecular PlantScientific ReportsNew Phytologist (共同通讯)和Frontiers in Plant Science上(一作)。

3 植物表观遗传相关基因家族进化研究

  对一些在植物发育和进化过程中重要的基因家族进行了深入研究,不仅澄清了这些基因家族的进化历史,而且揭示了重复基因对不同的基因及基因家族或亚家族截然不同的贡献。结果发表在 New Phytologist(第一),Plant Physiology(最后通讯)和BMC Evolutionary Biology(最后通讯)上。

4 Maca,杜仲和香蕉,油菜,睡莲基因组研究

  参与了Maca和杜仲基因组学研究工作,发表在Molecular Plant. 主持完成了栽培种香蕉,油菜和睡莲的基因组测序工作,都是基于三代测序技术上完成的,相关论文在撰写过程中。如睡莲,其属于园艺植物。园艺植物基因组被测序的并不多,只有梅花等基因组被测序。本人主持完成了睡莲基因组测序工作。使用单分子测序技(PacBio>110X)完成了睡莲基因组(409M)测序工作,Contig N50 达到2.1M45条序列长度就能覆盖基因组一半,初步组装和注释结果很好。

 发表论文*通讯作者,#第一作者  

2017年

1) Wuyun TN#*, Wang L#, Liu H#, Wang X#, Zhang L#, Bennetzen JL, Li T, Yang L, Liu P, Du L, Wang L, Huang M, Qing J, Zhu L, Bao W, Li H, Du Q, Zhu J, Yang H, Yang S, Liu H, Yue H, Hu J, Yu G, Tian Y, Liang F, Hu J, Wang D, Gao R, Li D, Du H.The hardy rubber tree genome provides insights into the evolution of polyisoprene biosynthesis. Molecular Plant. 2017 Dec 8. pii: S1674-2052(17)30369-6. doi: 10.1016/j.molp.2017.11.014

2) Sun ZC, Zhang LS*, Wang ZJ*Genome-wide analysis of miRNAs in Carya cathayensis. BMC Plant Biology . 2017 Nov 29;17(1):228. doi: 10.1186/s12870-017-1180-6.

3) Fu X, Li J, Tian Y, Quan W, Zhang S, Liu Q, Liang F, Zhu X, Zhang L, Wang D, Hu J Long-read sequence assembly of the firefly Pyrocoelia pectoralis genome. Gigascience. 2017 Nov 24. doi: 10.1093/gigascience/gix11

4) Chen F, Liu X, Yu C, Chen Y, Tang H, Zhang L* .Water lilies as emerging models for Darwin's abominable mystery. Horticulture Research. 2017 Oct 4;4:17051. doi: 10.1038/hortres.2017.51

5) Chen F, Zhang X, Liu X, Zhang L*. Evolutionary Analysis of MIKCc-Type MADS-Box Genes in Gymnosperms and Angiosperms. Frontiers in Plant Science. 2017 May 30;8:895. doi: 10.3389/fpls.2017.00895. eCollection 2017.[4] 

6) Chen F, Zhang L, Cheng ZM. The calmodulin fused kinase novel gene family is the major system in plants converting Ca2+ signals to protein phosphorylation responses. Scientific Reports. 2017 Jun 23;7(1):4127. doi: 10.1038/s41598-017-03367-8[4] 

 2016年       

7) Han Y, Li X, Cheng L, Liu Y, Wang H, Ke D, Yuan H, Zhang L* and Wang L* Genome-Wide Analysis of Soybean JmjC Domain-Containing Proteins Suggests Evolutionary Conservation Following Whole-Genome Duplication. Frontiers in Plant Science, 20167:1800.

8) Zhang J, Tian Y, Yan L, Zhang G, Wang X, Zeng Y, Zhang J, Ma X, Tan Y, Long N, Wang Y, Ma Y, He Y, Xue Y, Hao S, Yang S, Wang W, Zhang L*, Dong Y*, Chen W*, Sheng J*. Genome of plant maca (Lepidium meyenii) illuminates genomic basis for high altitude adaptation in the central AndesMolecular Plant. 2016, 9(7):1066-77 (IF:8.83被《2016中国植物科学若干领域重要研究进展》 报道)

9) Zhang L#*, Fei Chen#, GQ Zhang, YQ Zhang, ZG Lin, ZM Cheng*, ZJ Liu*. Origin and mechanism of crassulacean acid metabolism in orchids as implied by comparative transcriptomics and genomics of the carbon fixation pathwayPlant Journal. 201686(2):175-85.IF:5.96) 被《 2016中国植物科学若干领域重要研究进展》 报道)

10) Deng H#, Zhang L#, Zhang G, Zheng B, Liu Z, Wang Y, Evolutionary history of PEPC genes in green plants: Implications for the evolution of CAM in orchids, Molecular Phylogenetics and Evolution. 201694(Pt B):559-64 (IF=3.91). 被《 2016中国植物科学若干领域重要研究进展》 报道)

11) Zhang GQ, …….Zhang L†, ……., Liu ZJ. The Dendrobium catenatum Lindl. genome sequence provides insights into polysaccharide synthase, floral development and adaptive evolution. Scientific Reports. 201612;6:19029. (IF=5.58).

12) Zhong Z, Norvienyeku J, Chen M, Bao J, Lin L, Chen L, Lin Y, Wu X, Cai Z, Zhang Q, Lin X, Hong Y, Huang J, Xu L, Zhang H, Chen L, Tang W, Zheng H, Chen X, Wang Y, Lian B,Zhang L, Tang H, Lu G, Ebbole DJ, Wang B, Wang Z. Directional Selection from Host Plants Is a Major Force Driving Host Specificity in Magnaporthe Species. Scientific Reports. 2016, 6;6:25591 (IF=5.58).

2015年

13) Tang H, Bomhoff MD, Briones E, Zhang L, Schnable JC, Lyons E5. SynFind: Compiling Syntenic Regions across Any Set of Genomes on Demand. Genome Biology and Evolution. 2015, 7(12):3286–3298. (IF=4.23). 

14)  Niu B, Wang L, Zhang L, Ren D, Ren R, Copenhaver GP, Ma H, Wang Y. Arabidopsis Cell Division Cycle 20.1 Is Required for Normal Meiotic Spindle Assembly and Chromosome Segregation. Plant Cell. 201527(12):3367-82. (IF=9.34). 

15) Qian S, Wang Y, Ma H*, Zhang L*. Expansion and functional divergence of JmjC-containing histone demethylases: significance of duplications in ancestral angiosperms and vertebrates. Plant Physiology 2015, 168: 1321-1337(5 IF:8.04) 

16) Li Q, Zhang N, Zhang L*, Ma H*: Differential evolution of members of the rhomboid gene family with conservative and divergent patternsNew Phytologist  2015, 206: 368-380 (IF=7.67).

17) Zhang L, Wang L, Cui J, Cheng F, Wang YX, Ma H: Analysis of Arabidopsis floral transcriptome: detection of new florally expressed genes and expansion of Brassicaceae-specific gene families. Frontiers in Plant Science, 20155: 802, (IF=4.45).

2012年~2014年

18) Zhang L, Ma H: Complex evolutionary history and diverse domain organization of SET domain proteins suggestion divergent regulatory interactions. New Phytologist 2012, 195:248-263. (IF=7.67)

19) Zhang L, Zhang Z, Weng Z, Shi W: Substitution Rates of the Internal Genes in the Novel Avian H7N9 Influenza Virus. Clinical Infectious Diseases, 2013, 57(8):1213-1215, . (IF:8.89)

20) Zhang L*, Zhang Z, Weng Z: Rapid Reassortment of Internal Genes in Avian Influenza A(H7N9) Virus. Clinical Infectious Diseases, 2013, 57(7):1059-1061 . (IF:8.89,引用>18)

21) Lei L, Zhou S, Ma H*, Zhang L*: Expansion and Diversification of SET Domain Gene Family following Whole-Genome Duplications in Populus. BMC Evolutionary Biology 2012,12:51. (IF=3.41)

22) Dong X, Wang X, Zhang L, Yang Z, Xin X, Wu S, Sun C, Liu J, Yang J, Luo X: Identification and characterization of OsEBS, a gene involved in enhanced plant biomass and spikelet number in rice. Plant Biotechnology Journal 2013, 11(9):1044-1057 .  (IF:5.75)

张亮生老师课题组成员

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